InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，各有优缺点，视具体应用而定。下面是已知的两者之间的差别，仅供参考。

MyISAM:这个是默认类型,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法.与其他存储引擎比较,MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具. MyISAM表格可以被压缩,而且它们支持全文搜索.它们不是事务安全的,而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。

InnoDB:这种类型是事务安全的.它与BDB类型具有相同的特性,它们还支持外键.InnoDB表格速度很快.具有比BDB还丰富的特性,因 此如果需要一个事务安全的存储引擎,建议使用它.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE,出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表,

对于支持事物的InnoDB类型的标，影响速度的主要原因是AUTOCOMMIT默认设置是打开的，而且程序没有显式调用BEGIN 开始事务，导致每插入一条都自动Commit，严重影响了速度。可以在执行sql前调用begin，多条sql形成一个事物（即使autocommit打 开也可以），将大大提高性能。

1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。

2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。

3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。

4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。

5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。

另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势。

如果你想使用外键，事务等功能，记得用innodb引擎。使用方法是create table xxx()engine=innodb;如果想所有建立的表格都用innodb引擎，可以把“default-storage- engine=INNODB”加到/etc/mysql/my.cnf（位置可能不同）。设完之后就可以用“show engines;”检查是否设置好。不过据说该设置在5.0.22下可能无效。